清澜山学校的初中教育服务于12-15岁学生,每班不超过20人。初中教育采用班级制和走班制并行,提供丰富课程,让学生广泛涉猎,逐步确立个人兴趣点。班级工作组成员包括:英语教师(外教)、数学教师(外教)、 数学与科学教师(中、外教)、 中文教师(中教)、人文与社会教师(中、外教)、体育教师(外教)音乐教师(中、外教)、美术教师(中、外教)。
清澜山学校的初中教育开始渗透学科的学术功能,对学生提出较高的要求。并进一步加强英语教学,提供原著阅读和写作、论述课程;提供科学和人文的主题研究课题,开展初步的科学和社会学研究;重视各类体育运动和俱乐部、社团活动,传承清华大学“为祖国健康工作五十年”的精神;组织丰富的社会考察课程,在活动和体验中贯彻仁爱、自由、开放、合作的校风。
教师会采用多种教学方法,鼓励学生自由思考、勇于表达个人观点,培养学生良好习惯,追求学术卓越。