昆山杜克大学采用英文授课，教学团队主要由美国杜克大学教授及昆山杜克大学全球聘任的教授组成。本科课程设置采用美国杜克大学声誉卓著的通识博雅教育模式，以高师生比、小班授课、导师制、互动研讨式教学为特色。所有本科生入学时不分专业，学生可通过自由选修不同的课程来发掘个人学科兴趣与方向，在大学二年级自主选定专业。各专业均采用了双结构设计，在涵盖广义的跨学科核心内容的同时，更聚焦本专业的深度重点知识、技术和方法。