浸信会吕明才小学为香港浸信会联会于1982年兴办的政府资助小学，校史可追溯自1958年九龙城区的香港浸信会联会第一小学及1971年慈云山培爱小学，由1958年迄今，共六十二年，期间的转变见证了神奇妙的带领，更彰显了祂丰盛的恩典!
1958年香港浸信会联会在博爱村九龙城潮语浸信会的基址「博爱佈道所」旁创立香港浸信联会第一小学。1971年，政府清拆博爱村，兴建公共屋邨─美东邨。培爱学校是一所政府津贴小学，有课室12间，上、下午共24班。
由于慈云山区的公共屋邨人口渐趋老化，邨内的适龄儿童按年递减，各学校亦面临缩班的威胁。至1979年10月校董会向教育署申请迁校，以交换校舍方式申请，结果获教育署批准，并于1982年6月7日以余国强校监为首的校方小组接管沙田第一城新校舍。
培爱学校从开校以来，由香港浸信会联会之香港浸信教育协会管理，迁新校后，为要与浸信会吕明才中学成为联繫学校，隶属同一校董会，由1982年9月1日起，学校改由香港浸信会联会中等教育部管理。校舍设备方面，承蒙吕明才基金会慷慨捐款五十多万元，使校内设备特别完善，为此，培爱学校易名为浸信会吕明才小学，以纪念先贤吕明才先生热心基督教教育事工。
「吕小」第一年，上午校有24班，下午校有12班，共36班，由校长杜罗玲女士管理。翌年(1983年)9月，下午校亦扩展至24班，增聘邓薇先女士为下午校校长。浸信会吕明才小学向来矢志传扬福音，1984年承蒙九龙城浸信会的协助，组成堂务委员会及执行委员会，使用本校礼堂作礼拜堂。1984年9月2日开始第一次主日崇拜，向本区居民、家长及学生传扬福音。郑旭宁校监由1982年领导校务至1992年，继由何镜炜博士、张志俭博士、李树辉先生、曾启文先生接任迄今。杜罗玲校长于1998年9月1日起正式荣休，10月开始由黄洁莲校长接任。由1999年9月开始，「吕小」发展为两间全日制小学，继续在沙田区努力，培育下一代!
